Основой фамилии Банифатова послужило церковное имя Бонифатий (Вонифатий). Фамилия Банифатова образована от имени Банифат. Оно является краткой формой канонического мужского имени Бонифатий (Вонифатий), что в переводе с латинского означает «благотворный, благотворящий». Скорее всего, основатель рода Банифатовых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Банифат, со временем получил фамилию Банифатова.