Фамилия Банифатова — из числа тех, что хранят в себе редкое церковное имя. Её основа — краткая форма Банифат, которая восходит к полному каноническому имени Бонифатий (в старой русской традиции также Вонифатий). Имя это латинского происхождения, от bonus — «добрый, благой» и fatum — «судьба», то есть в целом означает «благотворный, благотворящий».

Главное, что сразу бросается в глаза: фамилия образована не от полной, а от усечённой формы имени. Для русской ономастики это верный признак того, что носитель имени происходил из простонародья. В крестьянской и мещанской среде редко использовали полные церковные имена в быту — их сокращали, и именно эти обиходные варианты ложились в основу фамилий. Так Бонифатий превратился в Банифата, а затем и в Банифатова.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Банифатов — это «сын Банифата» или «из семьи Банифата». Форма Банифатова — женская, принадлежащая женщине из этого рода. В русской традиции такие фамилии на -ова закреплялись за замужними женщинами или вдовами, но в современном употреблении это просто вариант фамилии по женской линии.

Само имя Бонифатий в святцах известно по нескольким раннехристианским мученикам, самый почитаемый на Руси — святой Вонифатий Милостивый (IV век). Однако фамилии от этого имени встречаются нечасто: гораздо реже, чем, скажем, от Иванов или Петров. Это делает Банифатову фамилией с яркой индивидуальной историей — её носитель почти наверняка происходит из рода, где имя Банифат передавалось как семейное прозвище или память о предке.

Итак, фамилия Банифатова означает «потомок Банифата», а сам Банифат — это народная форма имени «благотворящий». Человек, носивший такое прозвище, скорее всего, был простого звания, но имя ему дали с пожеланием доброй судьбы.