Основой фамилии Банифатов послужило церковное имя Бонифатий (Вонифатий). Фамилия Банифатов образована от имени Банифат. Оно является краткой формой канонического мужского имени Бонифатий (Вонифатий), что в переводе с латинского означает «благотворный, благотворящий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Банифат, со временем получил фамилию Банифатов.