Фамилия Банифатов — нечастая, и её происхождение напрямую связано с церковным именем Бонифатий (в русской традиции также Вонифатий). В основе лежит краткая форма этого имени — Банифат. Полное имя Бонифатий восходит к латинскому слову, означающему «благотворный» или «благотворящий». Так что, по сути, фамилия хранит память о предке, которого нарекли в честь святого с «благой» семантикой.

Интересно, что имя Бонифатий в народной среде подверглось сильному сокращению, что типично для длинных календарных имён. Отпадение начального слога «Бо-» и замена «ий» на простое «-ат» дало форму Банифат, которая и стала основой для фамилии. Модель образования проста и прозрачна: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Банифатов — это буквально «сын Банифата».

В официальных документах XIX века эта фамилия могла записываться и через «о» — Бонифатов, что ближе к исходному имени. Вариант с «а» (Банифатов) чаще встречается в крестьянской и мещанской среде, где «акающее» произношение закрепилось на письме. Таким образом, написание фамилии само по себе — маленькая подсказка о социальной среде и регионе, где она бытовала.

Святой покровитель имени — мученик Вонифатий, почитаемый 1 января (по старому стилю 19 декабря). В народном календаре этот день называли Вонифатьевым, и в некоторых губерниях фамилия могла возникнуть не напрямую от имени, а от прозвища, данного человеку, родившемуся или крещённому в этот праздник. Но основная версия — всё же сокращение от полного имени.

Среди однокоренных фамилий — Бонифатьев, Вонифатьев, Банифатьев. Все они восходят к одному источнику, и разница только в степени обрусения и диалектном произношении. Фамилия Банифатов встречается спорадически, без ярко выраженного ареала, что говорит о её происхождении от конкретных родов, а не от целой группы однофамильцев в одном уезде.