Фамилия Банифатюк — редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народное произношение и украинскую словообразовательную модель, превратилось в фамилию, почти неузнаваемую для неподготовленного глаза. В основе лежит каноническое имя Вонифатий (в русской традиции — Бонифаций). Это имя латинского происхождения, от bonus — «добрый» и fatum — «судьба», то есть «добросудьбный», «счастливый». В народе имя упростили до форм Банифат, Банифатий, откуда и пошла основа.

Суффикс -юк — типичный для западноукраинских и белорусских фамилий, особенно распространённый на Волыни, Подолье и в Полесье. Он указывает на «сына» или «потомка»: Банифатюк буквально значит «сын Банифата». Такая модель образования — патронимическая: фамилии на -ук/-юк в этих краях часто закреплялись за крестьянскими родами, где отчество со временем стало наследственным.

В русском языке имя Вонифатий чаще давало фамилии Банифатов, Банифатьев или Бонифатьев. Украинский вариант с -юк — признак того, что предки носителя фамилии жили на территории, где господствовала украинская антропонимическая традиция. Возможно, в документах XIX века фамилию могли записать и как Банифатюк, и как Бонифатюк — в зависимости от грамотности писаря и местного говора.

По сословию носители фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами. В дворянскую среду такие патронимические фамилии на -юк проникали редко. Если искать региональный центр бытования, то наиболее вероятны западные области Украины — Волынская, Ровенская, Хмельницкая, а также юг Беларуси.

Встречается вариант Банифатюк и с ударением на последнем слоге, и на втором — это зависит от диалекта. Сама фамилия остаётся малочисленной, что неудивительно: исходное имя Вонифатий никогда не было в России и Украине таким частым, как Иван или Пётр.