Фамилия Банифатовых — один из тех случаев, когда русская народная речь упростила длинное церковное имя. В основе лежит каноническое мужское имя Бонифатий (в старой русской традиции писали и как Вонифатий). Латинское bonifatius означает «благотворный», «делающий добро». В быту такое имя было неудобным, и от него образовалась короткая форма Банифат — точно так же, как от Иоанна появлялся Иван, а от Димитрия — Митяй.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Банифат- добавили суффикс -ов. Это указывает на принадлежность: Банифатов — сын или потомок человека по имени Банифат. Такая схема была самой распространённой в центральной России в XVI–XVII веках, когда фамилии закреплялись за крестьянскими и посадскими родами.

Имя Бонифатий встречалось в святцах, но в народе было редким. Поэтому фамилия Банифатовых не относится к массовым. Встретить её можно скорее в старообрядческой среде, где любили архаичные имена, или в тех регионах, куда в XVIII веке ссылали раскольников — например, на Урале, в Сибири, на Вятке. Если ваши предки Банифатовы, стоит искать их именно в этих местах, а не в центральных губерниях.

Написание через «а» в первом слоге — чисто русское фонетическое изменение. В латинском оригинале и в церковной форме стоит «о»: Бонифатий. Но в живой речи безударное «о» перешло в «а», и этот вариант закрепился в документах. Поэтому фамилии Банифатов и Бонифатов — однокоренные, но первая отражает народное произношение, а вторая — книжное.

Точную дату появления фамилии назвать невозможно: фамилии на -ов окончательно закреплялись за разными семьями в разное время, с конца XV до XIX века. Но уже сам факт, что имя Бонифатий дали предку, говорит о том, что семья была крещёной, а возможно, и связанной с церковной средой — имя это чаще выбирали люди, знавшие святцы и чтившие память святого мученика Бонифатия.