Фамилия Бонифатов — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую связано с христианским календарём. В основе лежит крестильное имя Бонифатий, которое пришло в русскую традицию из латыни через греческое посредство. Латинское Bonifatius означает «благая судьба» или «добрый удел», что делало имя популярным у ранних христиан. В святцах оно закрепилось благодаря святому Бонифатию, почитаемому как в православной, так и в католической церкви.

Словообразовательная модель проста: к основе Бонифат- добавлен патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность потомку человека по имени Бонифат. Форма Бонифат — это усечённый, народный вариант полного церковного имени Бонифатий. Такое усечение типично для русской бытовой речи: так из Константина получался Костя, из Димитрия — Митя, а из Бонифатия — Бонифат, а затем и фамилия его детей.

Интересно, что в отличие от распространённых крестильных имён, Бонифатий никогда не был частым в народной среде. Его носителями чаще становились представители духовенства или образованных слоёв, где следовали церковной традиции строже. Соответственно, и фамилия Бонифатов могла возникнуть в семинарской или священнической среде: в XIX веке будущим священникам нередко давали «говорящие» фамилии по именам святых, под чьим покровительством они обучались. Однако не исключён и более простой путь — когда крестьянина или мещанина, носившего редкое имя Бонифат, в документах записали по отцу: Бонифатов сын.

Географически фамилия встречается точечно, без выраженного регионального центра. В дореволюционных метрических книгах Бонифатовы изредка фиксируются в центральных губерниях и на юге России, но массового распространения не получили. В советское время фамилия почти исчезла из употребления, и сегодня её носители — скорее всего, потомки тех немногих семей, где имя Бонифатий передавалось по наследству или было выбрано при переходе в духовное сословие.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Бонифатьев или Бонифатьевский показывает, что Бонифатов — самая русифицированная форма, лишённая церковнославянского окончания -ий. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в народной, а не книжной среде, и её носители могли не иметь прямого отношения к духовенству, а просто носить имя, данное в честь святого. В любом случае, Бонифатов — живое свидетельство того, как редкое церковное имя обрастало бытовыми формами и становилось фамилией, пережившей века.