Фамилия Бонифатьев — яркий пример семинарской фамилии, образованной от полной церковнославянской формы канонического имени Бонифатий. В отличие от большинства русских фамилий, которые возникали из народных, обиходных форм крестильных имён (скажем, Иванов от Ивана, а не от Иоанна), Бонифатьев сохраняет книжное, «учёное» звучание. Это сразу указывает на среду происхождения: духовные академии и семинарии, где в XVII–XIX веках будущим священникам нередко давали фамилии по церковным именам святых в их полной, нетронутой бытовым сокращением форме.

Само имя Бонифатий восходит к латинскому словосочетанию bonum fatum — «добрая судьба». В буквальном переводе оно означает «благотворный», «тот, кто приносит благо». В святцах это имя связано прежде всего со святым мучеником Бонифатием, которого на Руси почитали как избавителя от пьянства, что придавало имени дополнительный моральный вес.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ев присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (Бонифатий → Бонифатьев). Однако здесь есть одна неочевидная деталь: в русском языке притяжательный суффикс -ов обычно крепится к твёрдым основам мужского рода, а -ев — к мягким или шипящим. Но имя Бонифатий — мужское, а форма Бонифатьев (а не Бонифатиев) показывает, что в основе лежала именно форма Бонифатий, где конечный звук [й] смягчил предшествующую согласную. Это отличает фамилию от, например, Розова (от «роза» — женского рода), где суффикс -ов вопреки грамматике указывает на искусственное семинарское происхождение.

Самая яркая историческая фигура с этой фамилией — Стефан Бонифатьев, царский духовник при Алексее Михайловиче. В середине XVII века он возглавил кружок «ревнителей благочестия» — группу священников и мирян, настаивавших на упорядочении церковной службы, единогласном пении и исправлении богослужебных книг. Именно из этого кружка вышли будущие лидеры церковной реформы, включая будущего патриарха Никона. Таким образом, носитель фамилии Бонифатьев оказался в центре событий, которые раскололи русское общество на сторонников старого и нового обряда. Фамилия, казалось бы, книжная и отвлечённая, на деле связана с одним из самых драматичных периодов русской истории.

Других известных носителей фамилии в открытых источниках немного, что типично для редких семинарских фамилий: они не успели широко распространиться за пределами духовного сословия. Географически Бонифатьевы встречаются в центральных областях России, особенно в бывших губерниях с сильными духовными школами — например, в Костромской и Ярославской.