Фамилия Бонифатьев — один из ярких примеров искусственных, или семинарских, фамилий. Их не наследовали от отца или деда: их придумывали в духовных училищах и семинариях для учеников, у которых до того не было фамилии. Чаще всего за основу брали церковнославянскую форму канонического имени. В данном случае — Бонифатий.

Имя Бонифатий пришло в православие из латыни. Оно сложилось из двух слов: «bonum» (хороший, добрый) и «fatum» (судьба). Буквальный перевод — «благотворный» или «благотворящий». В русском языке имя закрепилось в церковной, а не в бытовой форме, и от него по правилам семинарского словообразования образовали фамилию с суффиксом -ев. Обратите внимание: суффикс -ев, а не -ин, хотя имя оканчивается на -ий. Это характерная черта искусственных фамилий — они следовали не народной, а книжной логике. Для сравнения: от нарицательного «роза» в той же среде возникла фамилия Розов, а не Розин, хотя по законам живой речи суффикс -ов обычно присоединяется к словам мужского рода.

Самый известный носитель фамилии — Стефан Бонифатьев, духовник царя Алексея Михайловича. В XVII веке вокруг него сложился кружок «ревнителей благочестия» — священников и мирян, настаивавших на исправлении богослужебных книг и единогласном пении в церквях. Этот кружок во многом подготовил почву для реформ патриарха Никона, хотя позже его участники разошлись во взглядах. Таким образом, фамилия Бонифатьев прочно связана не просто с церковной средой, а с конкретным историческим сюжетом — борьбой за чистоту обряда и понятную службу.

Фамилия редкая, за пределами духовного сословия почти не встречается. Её форма — Бонифатьевы — указывает на множественное число или на принадлежность всему роду в целом. В быту её могли сокращать до Бонифатьев, но исходный вариант сохранил книжное звучание.