Фамилия Бонифантьева — редкий случай, когда русская фамилия образована от западноевропейского католического имени. В основе лежит имя Бонифатий (от латинского Bonifatius — «благая судьба» или, по другой версии, «делающий добро»). В православных святцах это имя отсутствовало, поэтому носителями могли быть либо выходцы из католических стран (поляки, литовцы, немцы), либо их обрусевшие потомки, принявшие православие.

Фамилия стоит в женской форме (Бонифантьева), мужской вариант — Бонифантьев. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: «сын Бонифантия» или «из семьи Бонифантия». Окончание -а в женском роде — стандартная русская модель, где жена или дочь носит фамилию мужа или отца. Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Бонифа́нтьева.

Интересно, что имя Бонифатий в русской народной среде адаптировалось редко, но в дворянских и разночинных семьях XVIII–XIX веков встречалось. Например, в некоторых губернских родословных книгах есть записи о Бонифантьевых — выходцах из польской шляхты, перешедших на русскую службу. В советское время фамилия почти исчезла из-за атеистической политики и редкости исходного имени.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна для русского ономастикона: основа Бонифант- нехарактерна для славянских языков, а суффикс -ев здесь работает как адаптационный механизм, «обрусевая» иноязычный корень. Сравните с однокоренными фамилиями Бонифациев, Бонифатов — они встречаются ещё реже.

Если вы носите фамилию Бонифантьева, ваши предки, скорее всего, были людьми грамотными, возможно, из служилого сословия или духовенства. Но точных сведений о сословной принадлежности без генеалогического исследования нет — фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения.