Фамилия Барахтенова — женская форма фамилии Барахтенов. В её основе почти наверняка лежит прозвище или мирское имя Барахта, образованное от глагола «барахтаться» — то есть беспорядочно двигаться, биться, возиться, делать суетливые усилия. В русских говорах слово «барахта» могло означать беспокойного, неусидчивого человека, а иногда — того, кто медлителен или неуклюж в движениях. Прозвища, образованные от этого корня, встречаются в документах XVII–XVIII веков, например, крестьянин Барахта упоминается в переписях северных уездов.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: суффикс -ен-ов (-енов) указывает на принадлежность к роду человека по имени Барахта. Суффикс -ен- в этом случае — вариант притяжательного форманта, характерный для фамилий, которые возникли от прозвищ на -а: Барахта → Барахтен → Барахтенов. Такая модель часто встречается в фамилиях из северных и центральных областей России (сравните: Плахта — Плахтенов, Молча — Молчанов, хотя в последнем -а- выпало). Реже, но возможно, что в основе лежит диалектное слово «барахта» — вид рыболовной снасти или приспособление для молотьбы, но это менее вероятно, так как прозвища от глаголов давались людям чаще, чем от названий предметов.

Географически фамилия Барахтенов/Барахтенова редкая. Основные очаги её бытования — Забайкалье и Сибирь, что косвенно подтверждает связь с переселенцами из северных губерний. В старых метрических книгах и ревизских сказках XIX века носители этой фамилии встречаются среди крестьян и казаков, а не дворян или купцов. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что типично для фамилий, образованных от внутрисемейных прозвищ.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Барахтанов, Барахтин — то Барахтенов выделяется именно суффиксом -ен-, который делает её архаичной по звучанию. В современном русском языке она воспринимается как редкая, но прозрачная по смыслу: предок носительницы фамилии был человеком суетливым, непоседливым или, наоборот, получил прозвище в шутку за медлительность.