Фамилия Барахтенко образована от прозвища Барахта. Оно ведет свое начало от глагола «Барахтенкоться», то есть «делать быстрые беспорядочные движения телом, руками, ногами, стараясь подняться, освободиться от чего-либо или выплыть», «бороться, сопротивляться», «купаться, плескаться». Вероятно, прозвище либо содержало указание на особенности характера и поведение основателя фамилии — целеустремленность, напористость, старание, либо на его привычки и предпочтения (плавание). Так и прозвище Барахта закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Барахтенко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Барахта, со временем получил фамилию Барахтенко.