Фамилия Барахтов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, могло иметь и бытовое, и переносное значение, причём второе перевешивает. Вопреки интуиции, корень здесь не связан с «барахлом» в значении хлама или старья (это слово вошло в обиход позже, из тюркских языков, и в фамилиях почти не фиксируется). Гораздо вероятнее, что в основе лежит диалектный глагол «барахтаться» — возиться, биться, делать суетливые, беспорядочные движения. Прозвище Барахта, а затем и фамилию Барахтов, мог получить человек непоседливый, суетливый или, напротив, тот, кто тяжело пробивался в жизни, «барахтался» в бедности.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Форма «Барахтов» означает «сын Барахты» или «из рода Барахты». Географически фамилия встречается крайне редко и тяготеет к южнорусским областям, где глагол «барахтаться» бытовал особенно активно, а также к Поволжью, где возможны фонетические варианты. Встречаются также варианты написания с одной «т» — Барахтов, что не меняет сути.

Существует и менее вероятная, но допустимая версия: отчество от нецерковного имени Барахта, которое могли дать ребёнку, родившемуся в суете или во время переполоха. Однако в ономастике такие «глагольные» прозвища чаще закреплялись за взрослыми по их поведению. В любом случае, Барахтовы — не потомки торговца старьём, а, скорее всего, люди, чей предок выделялся характером: живой, непоседливый или упорный в преодолении трудностей.