Фамилия Барахтина образована от прозвища Барахта. В её основе лежит глагол «барахтаться» — делать быстрые, беспорядочные движения, пытаясь подняться, выбраться или выплыть. Такое прозвище мог получить непоседливый, суетливый человек, который постоянно «барахтался» в делах или борьбе. По другой версии, «барахтаться» значило «бороться, сопротивляться, драться», и тогда прозвище указывало на упрямый, капризный характер.

С точки зрения словообразования, фамилия Барахтина — типичный пример модели на -ин. Такие фамилии в русской традиции образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывали на принадлежность: «чей?» — «сын Барахты». Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных регионах России.

Интересно, что фамилия Барахтина встречается в основном в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Свердловской и Кировской областях. Это позволяет предположить, что прозвище бытовало именно в этих местах, где слово «барахтаться» сохранило своё исходное, очень конкретное значение, связанное с движением и усилием. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Барахтина — «прозвищная» фамилия, то есть отражает не имя предка, а его характерное поведение или манеру.

Версия, что прозвище произошло от названия мелкого товара или хлама («барахло»), маловероятна: в таком случае фамилия звучала бы как Барахлов или Барахловин. Основа «барахта» однозначно связана с глаголом действия. Таким образом, предок Барахтиных был человеком, которого окружающие запомнили по его энергичным, порой хаотичным движениям или неуступчивому нраву.