Фамилия Бардаковский — одна из тех, где этимология не лежит на поверхности, и исследователю приходится выбирать между несколькими конкурирующими версиями. Самая очевидная и распространённая модель образования таких фамилий — топонимическая. Суффикс -ский в славянских фамилиях чаще всего указывает на связь с местностью: он отвечал на вопрос «откуда родом?» или «чьих будешь?». В случае Бардаковского — это указание на выходца из места с названием Бардаково.

Таких топонимов известно несколько, и география их различна. Одна из версий отсылает к истории Сибири. В XVI веке в Среднем Приобье существовало так называемое Бардаково княжество — территориально-родовое объединение хантов и манси, имевшее свой укреплённый городок. Если предок носителя фамилии происходил из этих мест, прозвище «Бардаковский» закрепилось за ним как указание на родину. Вторая версия ведёт в европейскую часть России: деревня Бардаково существует в Костромской области. В этом случае фамилия — классический пример прозвища, данного переселенцу, который перебрался в другую волость или уезд и получил фамильное имя по покинутому селу.

Однако есть и третий, более спорный вариант — от прозвища Бардак. Здесь нужно быть осторожным: современное значение слова («беспорядок») могло прийти в язык позже, чем сформировалась фамилия. Куда надёжнее связать прозвище со словом «барда́» — так называли гущу, остающуюся после перегонки хлебного вина, а также вообще мутное и некачественное питьё. В переносном смысле «бардой» именовали болотистую или каменистую, бесплодную землю. Таким образом, прозвище Бардак могло достаться человеку, который либо занимался винокурением (был «бардником»), либо жил на скудной почве, которую крестьяне называли «бардой». От этого прозвища через типичный суффикс принадлежности и образовалась фамилия.

Какая из версий правдоподобнее? Топонимическая — самая прямая и соответствует массе других фамилий на -ский (например, Тамбовский, Рязанский, Казанский). Версия с прозвищем Бардак менее типична для этой модели, но исключать её полностью нельзя. Точное место и время возникновения фамилии Бардаковский сейчас установить сложно — процесс закрепления фамилий в разных сословиях и регионах шёл неравномерно. Ясно одно: перед нами не случайное сочетание звуков, а слово, в котором застыла либо география предка, либо его занятие, либо бытовая характеристика, данная ему в среде.