Фамилия Бардакин — редкий случай, когда основа настолько прозрачна, что почти не оставляет пространства для гаданий, но при этом ставит вопрос о социальном контексте прозвища. В её основе лежит слово «бардак». Только не в современном бытовом значении «беспорядок», а в старом, прямом: так в южнорусских говорах и украинском языке называли кабачок, харчевню, питейное заведение низшего разряда, а также — самого содержателя такого заведения, целовальника или кабатчика. Слово пришло из тюркских языков (сравните турецкое «bardak» — стакан, сосуд) и закрепилось в русском просторечии.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Бардакин — «сын Бардака» или «человек из семьи Бардака». Прозвище Бардак могли дать либо тому, кто держал кабак, либо — с долей насмешки — завсегдатаю такого заведения. Второе менее вероятно: прозвища по профессии или месту работы были устойчивее и чаще переходили в фамилию.

Интересная деталь: фамилия Бардакин почти не встречается в старых боярских списках и дворянских родословных. Это типичная фамилия непривилегированного сословия — крестьян, мещан, однодворцев. Географически она тяготеет к югу России, особенно к Воронежской, Курской, Тамбовской областям и к казачьим землям, где слово «бардак» в значении «кабак» было в ходу дольше, чем на севере.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бардаков, Бардашов — показывает, что Бардакин образован по самой распространённой модели на -ин, тогда как Бардаков использует суффикс -ов, что чаще встречается у фамилий, произошедших от прозвищ с конечным твёрдым согласным. Разница в суффиксе здесь не принципиальна, оба варианта могли сосуществовать в одной местности.

Таким образом, носитель фамилии Бардакин почти наверняка ведёт род от человека, так или иначе связанного с кабацким делом — либо хозяина, либо работника. Никаких дворянских легенд или книжных корней за этой фамилией не числится, что делает её честным маркером крестьянского или мещанского происхождения.