Фамилия Бардоков — редкий случай, где основа почти наверняка не славянская, а тюркская или кавказская. В русском языке нет слова «бардок» в значении «человек» или «профессия». Зато в тюркских языках (карачаево-балкарском, кумыкском, ногайском) слово «бардакъ» или «бардак» означает «грязь», «муть», а в переносном смысле — «беспорядок», «смута». Прозвище Бардок могли дать человеку неопрятному, неряшливому или, наоборот, сварливому, склонному к ссорам. Версия с именем собственным менее вероятна: в арабском имени Бардак (редкое, встречается у тюркских народов) нет широкого распространения.

Модель образования простая: основа Бардок + русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Бардока» или «потомок Бардока». Фамилия могла возникнуть при крещении или переходе в православие, когда тюркское прозвище закрепили по русскому образцу. Географически Бардоковы чаще всего встречаются на Северном Кавказе — в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, Ставропольском крае, а также среди кавказских народов, переселившихся в другие регионы России. Единичные носители есть и в центральной России, но это, скорее всего, потомки мигрантов XX века.

Другая, более спорная версия связывает фамилию с осетинским «бард» — «плоский, широкий», но тогда ожидалась бы форма Бардов или Бартаев. Сходство с русским словом «бардак» (публичный дом) — случайное и вводит в заблуждение: это слово пришло в русский из турецкого через военный жаргон XVIII века, но как прозвище оно почти не фиксируется в документах. Поэтому основная гипотеза — тюркское прозвище по характеру или внешнему виду, русифицированное суффиксом -ов.