Фамилия Баркатунов — редкий случай, когда основа прозвища почти наверняка связана с конкретным местным диалектным словом, а не с общеупотребительным русским языком. В основе лежит прозвище Баркатун. Наиболее вероятное объяснение даёт словарь русских народных говоров: в воронежских и рязанских говорах «баркатун» — это болтун, пустомеля, человек, который говорит много и без толку. Слово образовано от глагола «баркать» (бормотать, ворчать, говорить невнятно) с экспрессивным суффиксом -ун-, который как раз и создаёт прозвища по характерному действию (ср. ворчун, крикун, говорун).

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ун → фамилия на -ов. Суффикс -ов присоединяется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Таким образом, Баркатунов буквально означает «сын (или потомок) Баркатуна», то есть того, кого в деревне прозвали болтуном или ворчуном.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с тюркским корнем «баркат» (благословение, изобилие). Для неё нет ни диалектной поддержки, ни объяснения суффикса -ун-, который в русских фамилиях тюркского происхождения почти не встречается. Поэтому лингвисты склоняются к исконно русской, диалектной природе прозвища.

Фамилия нечастотная. Её очаги можно искать в зоне распространения южнорусских говоров — Черноземье, Поволжье. В дореволюционных метрических книгах она встречается преимущественно в крестьянской среде, что логично: прозвища, данные по речевой манере, давали именно в быту, внутри общины, и они редко переходили в дворянские роды.