Фамилия Бархоткин — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или привычке, закрепилось в родовом имени. В основе фамилии лежит слово «бархотка» — старинное название бархата, а также уменьшительно-ласкательное от «бархат». Прозвище Бархотка могли дать человеку, который носил одежду из этого дорогого материала, либо, напротив, иронично — бедно одетому, но любившему прихорашиваться. Не исключено, что прозвище относилось к человеку с мягким, «бархатистым» характером или голосом.

Суффикс -ин указывает на модель образования, типичную для русских фамилий от основ на -а/-я: Бархотка → Бархоткин, то есть «сын Бархотки». Это одна из самых распространённых патронимических моделей в центральной и северной России. Фамилия могла возникнуть и от мирского имени Бархот — так в старину называли приятного, обходительного человека, но такая форма встречается реже.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центральным областям России. Встречается в архивах Нижегородской и Костромской губерний, где в XVIII–XIX веках фиксировались крестьяне и мещане с этой фамилией. В отличие от фамилий на -ский, Бархоткины не имели дворянского происхождения — это имя простого сословия, что подтверждается массовыми переписями.

Любопытная деталь: в некоторых говорах «бархоткой» называли не только ткань, но и особый сорт яблок — «бархатные» плоды с мягкой кожицей. Если предок был садоводом, прозвище могло перейти на него от любимого сорта. Однако основная версия — прозвище по одежде — остаётся самой убедительной, поскольку прозвища, данные по внешнему виду, в русской ономастике встречаются чаще, чем «растительные».