Фамилия Бартужис звучит нехарактерно для русской среды, и это ключ к её разгадке. С суффиксом -ис она указывает на литовское происхождение: в литовском языке многие фамилии оканчиваются на -is, -us, -as. Перед нами не просто русифицированная форма, а фамилия, сохранившая балтский облик. Вероятнее всего, её носители — потомки литовцев, живших на территории Российской империи и не сменивших окончание на русское -ов или -ин.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Бартужис. Оно восходит к сокращённой форме от литовского имени Бартоломеюс (соответствует русскому Варфоломей, от арамейского «сын вспаханной земли»). Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Бартутис, Бартулис, Бартужис были широко распространены в Литве и Жемайтии. Таким образом, фамилия означает «маленький Бартоломей» или «сын Бартоломея» и образована по типичной для литовской антропонимии модели: основа + патронимический суффикс.

Встречается фамилия в основном на северо-западе России, в Калининградской области, а также в Литве и Латвии. В русских документах XIX века её могли записывать на слух как Бартужис, Бартуж, Бартужев. Из-за редкости фамилия не попала в массовые словари, но её этимология прозрачна: она связана с крестьянским или мещанским сословием литовских губерний, где имя Варфоломей (лит. Baltramiejus) давали по святцам, а в быту заменяли короткими формами.

Ошибочно связывать фамилию с польским словом «bartnik» (бортник, пчеловод) — хотя фонетически похоже, суффикс -ис выдаёт именно литовский путь образования. Других правдоподобных версий нет: корень однозначно указывает на личное имя, а не на профессию или географическое название.