Фамилия Батабаев — один из тех случаев, когда происхождение лежит на поверхности, но требует оговорки по национальной принадлежности. Основа фамилии — личное имя Батабай. В тюркских языках, особенно в казахском, киргизском и татарском, «бай» — это «богач», «хозяин», «господин», уважаемый человек. Первая часть имени, «бата», может означать «благословение», «молитва» или «пожелание». Таким образом, Батабай — это «богатый благословением», «тот, кто получил благословение». Имя давали с надеждой, что ребенок будет удачлив и уважаем.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев. В тюркских языках нет окончания -ов/-ев, поэтому, когда в XIX–XX веках фиксировали фамилии для оседлого населения, к имени отца добавляли русский патронимический суффикс. Батабаев — буквально «сын Батабая». Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа заканчивается на мягкий согласный или гласный: Батабай → Батабаев.

Географически фамилия чаще всего встречается в Казахстане, Киргизии, а также среди башкир и татар. В России она редка и локализована в регионах, граничащих с Казахстаном, — Оренбургской, Астраханской, Омской областях. Сословно предки Батабаевых, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, но имя Батабай мог носить и человек, известный своей мудростью или религиозностью, — в кочевой культуре такие прозвища давали не только по достатку.

Интересная деталь: в некоторых тюркских диалектах «бата» — это не только благословение, но и короткая молитва перед едой или делом. Поэтому Батабай мог быть прозвищем человека, который славился набожностью или часто произносил благословения. Вторая версия — менее вероятная — связывает имя с арабским «батт» (утка), но для фамилии это натяжка, так как зооморфные имена в тюркской традиции редки для этой основы.