Фамилия Батоин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она похожа на отчество с суффиксом -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — Батоин, то есть сын Батоя. Однако имени или прозвища «Бато́й» в русском обиходе не зафиксировано, и здесь начинается главная загадка.

Скорее всего, фамилия имеет не русскую, а бурятскую или монгольскую основу. В бурятском языке «бато» (баатар) — «богатырь», «герой», «крепкий». Имя Бато — распространённое мужское имя у бурят и монголов. В таком случае фамилия Батоин — русифицированная форма патронима: русского суффикса -ин добавили к основе Бато-, получив «сын Бато». Это типичная модель для фамилий, возникших у народов Сибири и Забайкалья при переходе на русскую систему документирования в XIX–XX веках.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским словом «батый» — «сильный», «могучий». Но в тюркских языках чаще встречаются формы Батыев, Батаев, а вариант Батоин для них нетипичен. Поэтому бурятско-монгольское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия сегодня встречается в основном в Бурятии, Забайкальском крае и Иркутской области. В европейской части России она единична. Это подтверждает локальный характер: предки носителя фамилии Батоин, скорее всего, были бурятами или монголами, получившими русскую фамилию по имени отца при записи в метрические книги или при переписи.

Суффикс -ин в данном случае работает не как указание на принадлежность к роду, а как маркер «обрусения». В русской ономастике это обычный путь для фамилий нерусских народов: имя адаптировали, прибавляли суффикс, и получалась фамилия, внешне неотличимая от исконно русских отчеств.