Фамилия Батоногова — женская форма от Батоногов, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного суффиксального элемента. В русских фамилиях часто встречается суффикс -ов/-ев, но здесь мы видим редкий случай, когда основа оканчивается на -ог: Батон-ог-ов. Это указывает на то, что прозвище предка было образовано не напрямую от слова «батон», а через прилагательное или существительное с суффиксом -ог, который в русских говорах мог означать принадлежность или свойство (сравните: «босог» от «босой»). Однако в данном случае прозвище «Батоног» — скорее всего, сложное слово или народное переосмысление.

Самая правдоподобная версия: прозвище Батоног произошло от слов «батон» (хлеб, булка) и «нога». В русских говорах «батоног» могли называть человека с короткими, толстыми ногами, похожими на батоны, или того, кто неуклюже ходит, переваливаясь. Такие прозвища по внешности или походке были распространены в крестьянской среде. Менее вероятна связь с тюркскими корнями (например, «батыр» — богатырь), так как суффикс -ог и окончание -ов типично славянские.

Фамилия редкая, географически привязана в основном к южнорусским областям — Воронежской, Ростовской, отчасти к Поволжью. Встречается и у казаков, где прозвища часто фиксировали яркую внешнюю черту. Сословно предки были скорее всего крестьянами или однодворцами, так как фамилии на -огов у дворян почти не встречаются.

В написании возможна путаница: ударение падает на второй слог (Бато́ногова), но в разговорной речи иногда смещается на третий. Окончание -ова однозначно указывает на женский род; мужская форма — Батоногов.