Фамилия Батоногов — редкий случай в русском ономастиконе, где прозвище застыло в родительном падеже множественного числа. Если подавляющее большинство русских фамилий образовано по модели «чей?» (Иванов — сын Ивана), то здесь работает вопрос «из кого?» или «откуда?». Батоногов — «из батоногов», то есть из тех, кого называли батоногами.

В основе лежит сложное слово «батонога». Первая часть — «бат» (батог, палка, посох), вторая — «нога». В прямом смысле батонога — человек с палкой на ноге, то есть хромой, использующий костыль или трость. Однако в русских говорах слово приобрело и переносное значение: так могли прозвать медлительного, неуклюжего человека, который еле передвигает ноги, словно опирается на палку. В некоторых диалектах «батонога» — это ещё и бродяга, путник с посохом.

Фамилия закрепилась в форме родительного падежа множественного числа (Батоногов), что характерно для северных и сибирских говоров, а также для фамилий, возникших из прозвищ по социальной или физической характеристике. Сравните: Кривошеев, Безруков, Глазанов — все они образованы по той же модели: «из кривошеев», «из безруких».

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные очаги — Архангельская область и северные районы Урала, что подтверждает севернорусское происхождение модели на -ов от прозвища в родительном падеже. В дореволюционных переписях носители Батоноговых записаны в основном как государственные крестьяне.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна: у неё нет массовых «однофамильцев» по корню. Близкие по звучанию Батогов и Батожков образованы от того же «батога», но по другой модели (отчество от имени или прозвища в именительном падеже). Батоногов стоит особняком — это не отчество, а прозвище целой семьи или рода, которое закрепилось как фамильное имя.