Фамилия Батованя не входит в число распространённых русских фамилий, и её происхождение неочевидно. Первое, что бросается в глаза, — нестандартное окончание «-аня». В русской ономастике такой суффикс встречается редко, что сразу указывает на нерусское происхождение основы.

Скорее всего, Батованя — это русифицированная форма фамилии с Кавказа или Закавказья. В армянском языке типичная фамилия образуется с помощью суффиксов «-ян» или «-ан». Если взять за основу армянскую фамилию «Батовян» (от имени или прозвища «Бато»), то при её адаптации в русской среде окончание «-ян» могло измениться на «-аня» под влиянием диалектного произношения или при переписи. В грузинских фамилиях тоже встречаются окончания «-ани», «-ури» или «-дзе», и «Батованя» могла возникнуть из грузинской «Батуани» или «Батошвили» через упрощение.

Основа «Бат» в тюркских и кавказских языках имеет несколько значений. В тюркских языках «бат» — это «опускаться», «тонуть» или «богатый» (в монгольском «бат» означает «крепкий», «сильный»). В армянском «бато» — это уважительное обращение, вроде «господин» или «дедушка». Таким образом, прозвище «Бато» мог получить уважаемый человек, старейшина или зажиточный крестьянин. От этого прозвища и пошла фамилия.

Встречаемость фамилии Батованя в России невысока. Основные носители живут на юге страны, в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически смешивались русские, армянские и тюркские фамилии. Возможно, предки носителей этой фамилии переселились из Закавказья в XIX или начале XX века.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть на русской почве от прозвища «Батованя», которое давали человеку, похожему на батю (отца) или батюшку. Но в таком случае фамилия должна была бы писаться как «Батюнин» или «Батюшкин» — суффикс «-аня» для русских фамилий нетипичен. Поэтому кавказское происхождение выглядит убедительнее.