Фамилия Батюнин — яркий пример «географического» следа в русской ономастике, и её разбор стоит начать не с корня, а с ареала бытования. Это редкая фамилия, которая почти не встречается за пределами нескольких регионов, и это ключ к её происхождению.

Основа фамилии — слово «батюня». В русских говорах у него было два значения. Первое — ласкательное обращение к отцу, к батюшке (от «батя»). Второе, более узкое и важное для данной фамилии, — так в некоторых местностях (особенно в северных и сибирских говорах) называли не просто родителя, а священника или вообще уважаемого пожилого человека, духовного наставника. Однако вряд ли фамилия Батюнин произошла напрямую от прозвища «батюня» в значении «попович». Скорее всего, это отчество-патроним: Батюня — это уменьшительная форма личного имени или прозвища предка, а Батюнин — «чей?» — сын Батюни.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду. По этой модели образованы тысячи русских фамилий от основ, оканчивающихся на -а/-я: Пушкин (от Пушка), Ильин (от Илья). Батюнин — из того же ряда. Исходное прозвище Батюня мог получить человек с мягким, «отеческим» характером, либо тот, кто часто употреблял это слово в речи (например, при обращении к священнику). Есть и другая версия: в некоторых диалектах «батюня» — это вид большой лодки или барки, но она менее вероятна, так как прозвища от названий судов в русской традиции редки.

Главная особенность фамилии Батюнин — её региональная привязанность. Она встречается в основном в Вологодской, Архангельской областях и в некоторых районах Сибири, куда переселялись северяне. Это не случайно: именно на Русском Севере, где долго сохранялось свободное крестьянство и не было массового крепостного права, фамилии на -ин от прозвищ и мирских имён закреплялись раньше и чаще. Сравните с однокоренными, но более распространёнными фамилиями: Батюшков (от «батюшка», с суффиксом -ов, характерным для южных и центральных областей) или Батенин. Батюнин стоит особняком — это именно северная форма, сохранившая диалектное окончание.

Таким образом, предок современных Батюниных — человек по прозвищу Батюня, живший, скорее всего, в Архангельской или Вологодской губернии. Кем он был — крестьянином, рыбаком или священнослужителем — сказать точно нельзя, но ясно, что фамилия закрепилась за его потомками именно в той среде, где имя-отчество было важнее сословного титула.