Фамилия Батюня — редкий пример того, как прозвище, образованное от ласкового обращения, закрепилось в качестве наследственного имени. Её основа — украинское или белорусское слово «батя» (отец, батюшка). Уменьшительный суффикс -юн- (ср. «дядюня», «мамуня», «бабуня») придаёт форме подчёркнуто тёплый, семейный оттенок. В отличие от более распространённой модели Батюшкин, где суффикс -к- указывает на принадлежность («сын батюшки»), Батюня — это прямое прозвище человека, которого в быту ласково называли «батюней».

Словообразовательно фамилия стоит особняком. В русских фамилиях суффикс -юн- встречается редко: обычно он характерен для украинских и белорусских прозвищ (Дядюня, Васюня). Это сразу указывает на юго-западное происхождение рода. Скорее всего, предок носителя фамилии получил это прозвище в крестьянской или казацкой среде — не как священник, а как уважаемый старший мужчина, отец семейства, которого соседи или младшие родственники называли «батюня» за авторитет и доброту.

Версия о связи с церковным саном маловероятна. Священников обычно именовали «батюшка» или «отец», а форма «батюня» — это именно бытовая, домашняя. Если бы фамилия происходила от духовного звания, она, скорее, сохранила бы суффикс -ов- (Батюшков). Батюня же — прозвище, застывшее в именительном падеже, без дополнительных родовых окончаний, что типично для украинских фамилий (ср. Хмара, Скоробогатько, Батюня).

Фамилия нечастотна и географически привязана к западу России, Украине и Беларуси. Встречается в единичных записях среди казаков Черниговщины и Полтавщины. Поскольку прозвище было личным, а не профессиональным, носители фамилии Батюня в прошлом могли быть кем угодно: хлеборобами, ремесленниками, казаками. Главное, что объединяет их предков, — прозвище, данное с уважением и теплотой.