Фамилия Батюнина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Батюнин. Строится она по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Батюнин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Батюня. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где суффикс -ин преобладает над -ов/-ев.

Прозвище Батюня, скорее всего, связано с диалектным словом «батя» — отец, батюшка. Уменьшительная форма с суффиксами -ун/-юн (как в словах «дедуня», «мамуня») могла означать ласковое обращение к отцу, деду или старшему родственнику. В некоторых говорах «батюней» называли и священника (батюшку), но для прозвища такой вариант менее вероятен: в крестьянской среде чаще давали бытовые, а не церковные клички. Исходное значение — «маленький батя», «сын бати» или просто ласковое именование отца.

Более редкая версия — от неканонического имени Батюня, которое могло быть производным от Батислав или Баташ (сокращённые формы славянских имён). Однако в документах XVI–XVII веков такие имена встречаются редко, и прозвищный путь выглядит правдоподобнее. Словарь Б. Унбегана по русским фамилиям не упоминает Батюниных, но сама модель — отчество от прозвища на -уня — вполне обычна.

Географически фамилия Батюнина встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — регионах, где сохранились архаичные суффиксы и где прозвища часто закреплялись за целыми семьями. В переписных книгах XVII века Батюнины могли быть крестьянами или посадскими людьми, но точных записей о сословной принадлежности нет. Сейчас фамилия редкая, и её носители, вероятно, потомки тех самых северных крестьян, прозванных Батюней за уважительное или родственное отношение к отцу.

Интересная деталь: фамилия могла писаться и как Батюнин, и как Батюнина без изменения ударения (оно падает на второй слог: Батю́нин). В старых документах иногда встречается вариант с двумя «н» — Батюннин, но это скорее описка, чем норма. Сравните с однокоренными фамилиями: Батюков, Батяев, Батюшков — все они восходят к той же основе «батя», но с разными суффиксами, что указывает на независимое возникновение в разных регионах.