Фамилия Баунегро — редкий случай в русской ономастике, когда фамилия, по сути, является прямой иностранной заимствованной конструкцией. Она не образована по русским словообразовательным моделям (суффиксы -ов, -ин, -ский здесь отсутствуют), а представляет собой сложное слово, записанное на слух.

В основе лежит итальянское или испанское словосочетание bau negro (или bagno negro). Буквально это переводится как «чёрная баня» или «чёрная купальня». Вряд ли предок носителя этой фамилии был владельцем бани такого цвета. Скорее всего, прозвище или фамилия возникли в южных регионах Российской империи, где имелись итальянские и греческие поселения (например, Одесса, Крым, Новороссия). Там выходцы из Средиземноморья могли получить такое прозвище за тёмный цвет кожи или волос, либо за мрачный нрав — по контрасту с «чёрным» и «белым» в прозвищах.

Другая, менее вероятная версия, связывает фамилию с топонимом. В Италии есть несколько мест с корнем Bagno (например, Баньо-ди-Романья). В этом случае Баунегро — указание на выходца из конкретного тёмного, лесистого или болотистого места.

Фамилия не получила широкого распространения в России. Она остаётся штучной, единичной, что подтверждает её позднее происхождение и узкую географическую привязку. Сословно её носители, скорее всего, были мещанами или купцами, имевшими дело с южными портами и иностранными колонистами.