Фамилия Байботанов — одна из тех, где за русским окончанием скрывается тюркская основа. Её ядро — имя или прозвище Байботан. Разбираем по частям: «бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин» (ср. бай в значении «состоятельный человек» у казахов, киргизов, татар). Вторая часть — «ботан» — может восходить к тюркскому «ботан» или «бота» — «верблюжонок». У казахов «бота» — детёныш верблюда до года, слово нередко использовалось как ласковое прозвище для младшего ребёнка или как часть составного имени. Таким образом, Байботан — это «богатый верблюжонок» или, метафорически, «дорогой, как верблюжонок». В скотоводческом быту верблюд был мерой богатства, и такое имя могли дать желанному, долгожданному сыну.

Русский суффикс -ов превращает тюркское личное имя в фамилию по стандартной модели: Байботан → Байботанов, то есть «сын Байботана». Фамилия характерна для народов, перешедших на русское делопроизводство в XIX–XX веках, — прежде всего для казахов и татар. Встречается она в Казахстане, Оренбургской, Астраханской областях России, а также у казахской диаспоры. В русских документах её могли записать по-разному: Байботанов, Байбутанов, Байбетанов — в зависимости от диалектного произношения и слуха писаря.

Интересно, что фамилия не попала в массовые дореволюционные списки дворянства или купечества — это признак её позднего оформления. Скорее всего, предки Байботановых были скотоводами или мелкими землевладельцами, а сама фамилия закрепилась в советское время, когда поголовно паспортизировали всё население. В ономастике это редкий случай, когда прозвище не утратило прозрачную внутреннюю форму: любой носитель тюркского языка легко поймёт, что значит «Байботан», даже не зная истории фамилии.