Фамилия Байхунов звучит на русский лад, но её корни уходят в тюркские языки. Основа «Байхун» — это составное имя или прозвище, где «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин», а «хун» может восходить к слову «кун» (день, солнце) или к этнониму «хунну» (гунны). В тюркской ономастике «Байхун» нередко давали как пожелание богатства и светлой доли, либо как прозвище состоятельного и влиятельного человека. Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — «Байхунов», то есть потомок или человек из рода Байхуна.

Встречается фамилия преимущественно у народов Северного Кавказа и Поволжья — у чеченцев, ингушей, кумыков, ногайцев, а также у татар. Это не случайно: в этих регионах тюркские имена с компонентом «бай» были широко распространены. В русских документах фамилия фиксируется с XIX века, когда горцам и кочевникам начали массово присваивать фамилии по отцу, часто с русифицированным окончанием.

Интересная деталь: в чеченской среде фамилия Байхуновы может быть связана с тайпом (родом), где имя Байхун стало родовым прозвищем. В таком случае фамилия указывает не на личное качество предка, а на принадлежность к определённому клану. Встречаются варианты написания — Байхонов, Байхуннов, но основная форма закрепилась именно через «у».

Говорить о дворянском происхождении в данном случае не приходится: Байхуновы — в основном крестьянский или военно-служилый род, многие представители которого в XIX–XX веках служили в казачьих войсках или занимались скотоводством. Сегодня фамилия нечастотна, но её носители живут в Чечне, Дагестане, Ставропольском крае и в среде кавказских диаспор.