Фамилия Бахунов — одна из тех, что с первого взгляда кажется загадочной, но при ближайшем рассмотрении раскрывает связь с природой и народным бытом. В её основе лежит прозвище Бахун. Самое прямое и правдоподобное объяснение этого прозвища отсылает к белорусскому названию багульника — «бахун».

Багульник — кустарник из семейства Вересковые, известный своим резким, одурманивающим запахом. Листья и ветви растения выделяют эфирное масло сложного состава, которое в больших концентрациях ядовито: может вызывать головокружение, головную боль и даже потерю сознания. Однако в старину люди умели обращать свойства этого растения себе на пользу. Масло багульника применяли при обработке кож (вместе с дёгтем), в мыловарении, парфюмерии и даже в текстильной промышленности как закрепитель красок.

Таким образом, предок носителя фамилии Бахунов вполне мог быть знахарем, хорошо знавшим свойства трав, или же ремесленником — кожевником, мыловаром, красильщиком — который в своей работе постоянно использовал «бахун». За это его и прозвали Бахуном. Фамилия же закрепилась в форме притяжательного прилагательного с типичным русским суффиксом -ов, отвечающим на вопрос «чей?»: сын Бахуна — Бахунов.

Существует и менее вероятная, экзотическая версия, связывающая прозвище с нарицательным «бахун» из индуистской культуры — так называют члена высшей касты брахманов в Непале и некоторых регионах Индии. Эта гипотеза выглядит натянутой, поскольку фамилия имеет славянскую словообразовательную модель и корни, скорее всего, уходят в говоры северо-западных русских земель или Беларуси, где слово «бахун» в значении «багульник» было в ходу.