Фамилия Бабахунов — характерный пример восточной модели образования русских фамилий. В её основе лежит личное имя Бабахун, которое представляет собой фонетический вариант имени Бабахан (через промежуточную форму Бабахон). Это ставит фамилию в один ряд с такими однокоренными фамилиями, как Бабахан, Бабаханов и Бабахонян.

Имя Бабахан — составное тюркское. Первая часть, «баба», переводится как «отец, батюшка» и часто использовалась как уважительное обращение к старшему мужчине или наставнику. Вторая часть — «хан», изначально обозначавший вождя племени у кочевников Ирана и Афганистана, со временем стал компонентом многих имён, подчёркивающим знатность или статус.

Суффикс «-ов» в фамилии Бабахунов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («сын Бабахуна»). Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком, которого звали Бабахун, и это имя отражало либо его уважаемое положение в общине, либо почётное прозвище. Географически фамилия тяготеет к регионам Средней Азии и Кавказа, где были распространены тюркские имена с компонентом «хан».