Фамилия Бабахунов, вероятно, образована от имени Бабахун, которое является фонетическим вариантом имени Бабахан (через переходную форму Бабахон). Так, известны фамилии Бабахан, Бабаханов, Бабахонян. Скорее всего, фамилия Бабахунов того же ряда. Восточное мужское личное имя Бабахан является составным и восходит к двум тюркским словам: «баба» и «хан». Первая часть имени - «баба-» - в переводе на русский язык означает «отец, батюшка». Первоначально «хан» обозначал вождя племени (например, у кочевников Ирана и Афганистана).