Фамилия Байкунусов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Байкунус. Фамилия Байкунусов образована от прозвища Байкунус, которое является составным и восходит к двум тюркским словам: «бай», что в переводе на русский язык означает «богатый человек, господин» и «кунус» - «храм». Вероятно, таким прозвищем нарекли богатого, знатного и властного человека, который жил в шикарном доме, похожем на храм. Кроме того, так могли прозвать и верующего человека, который часто посещал священные места. О точном месте и времени возникновения фамилии Байкунусов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Однако бесспорным является тот факт, что фамилия Байкунусов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.