Фамилия Баймолдина — женская форма, а исходная мужская — Баймолдин. Это фамилия казахского происхождения, и её разбор ведёт к сложению двух основ: «бай» и «молда». «Бай» в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а в составе имён часто выступает как компонент со значением «уважаемый», «состоятельный». «Молда» — это искажённое «мулла», духовное лицо у мусульман, знаток Корана и религиозных обрядов. В казахской среде слово «молда» могло означать и просто грамотного человека, учителя.

Таким образом, Баймолда — это составное личное имя или прозвище, которое можно перевести как «богатый (или уважаемый) мулла» либо «господин-мулла». Вряд ли речь шла о буквальном богатстве — скорее, так называли человека, который сочетал духовный авторитет с достатком или влиянием. В казахской ономастике такие двухосновные имена (Баймурат, Байжан, Байболат) очень распространены, и фамилия Баймолдин образовалась по стандартной для тюркских народов модели: к основе имени добавили русский суффикс -ин, который в российской паспортной системе закрепился за многими казахскими фамилиями ещё в XIX–XX веках.

Географически фамилия Баймолдина встречается прежде всего в Казахстане, особенно в западных и северных областях — Актюбинской, Западно-Казахстанской, Костанайской. Встречается она и среди казахов, живущих в России, в первую очередь в Оренбургской, Астраханской и Саратовской областях, где исторически сложились крупные казахские диаспоры.

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ин, которые указывают на принадлежность отцу (Иван — Иванов сын), у казахских фамилий суффикс -ин выполнял скорее административную функцию: он «русифицировал» имя для записи в документах. Поэтому исходное имя Баймолда могло принадлежать не отцу, а самому первому носителю — реальному человеку, которого в ауле знали как «бая-молду». Сословно это, скорее всего, был не аристократ (тёре или султан), а уважаемый представитель духовенства или зажиточный скотовод, получивший религиозное образование.

Редкость фамилии в том, что она почти не имеет параллелей в других тюркских языках: у татар или башкир чаще встречается вариант Баймуллин (от «бай» + «мулла» с другим суффиксом), а форма Баймолдин — характерный именно казахский вариант с огласовкой «о».