Фамилия Баймолдин — редкий случай, когда географию можно определить почти безошибочно. Это типичная казахская фамилия, которая после русификации получила русский патронимический суффикс -ин. В исходном виде она звучала бы как Баймолда, а окончание -ин означает «чей?» — то есть «принадлежащий Баймолде», «сын Баймолды».

Основа фамилии — составное мужское имя Баймолда. Оно строится из двух тюркских корней: «бай» (богатый, могущественный, господин) и «молда» — искажённое «мулла», то есть мусульманский священнослужитель, грамотей. Таким образом, имя Баймолда означало «богатый мулла» или «господин-мулла». Вряд ли речь шла о буквальном богатстве — скорее, об уважении к человеку, который сочетал знатное происхождение или достаток с религиозной учёностью.

Словообразовательная модель — одна из самых распространённых в русской адаптации тюркских фамилий: берётся основа в именительном падеже (Баймолда) и добавляется суффикс -ин. Сравните: Ахметов, но Баймолдин. Разница в том, что на тюркскую основу, оканчивающуюся на -а, -я, русский язык чаще наращивает -ин, а не -ов. Это же правило работает и с фамилиями вроде Пугачёв (от прозвища Пугач) — но там славянская основа.

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшей аристократии (султанам или торе), но могли быть авторитетными аксакалами, муллами или зажиточными скотоводами. Фамилия не даёт точной привязки к конкретному роду или жузу — имя Баймолда встречалось у разных казахских племён. Однако в советское время фамилию закрепили в документах, и сейчас она бытует в основном в Казахстане и среди казахской диаспоры.

Если сравнивать с однокоренными, то к этому же гнезду относятся фамилии Баймухамбетов, Баймурзин, Байгазин — все с корнем «бай» и разными вторыми компонентами. Баймолдин стоит особняком: «молда» — слово не родовое и не географическое, а социально-религиозное, что указывает на определённый статус предка.