Фамилия Бимолдин — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не русское слово, а немецкое словосочетание. Первая часть, bis, переводится как предлог «к», вторая — Mold означает «земля». Получается что-то вроде «к земле» — возможно, так могли прозвать человека по месту жительства или по роду занятий, связанному с границей земельного участка. Позже, когда фамилия попала в русскую среду, к основе прирастили типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бимолдин. Суффикс -ин в фамилиях обычно присоединялся к основам на -а, -я или к существительным женского рода, поэтому исходное прозвище могло звучать как Бимолда.

Менее вероятная версия связывает фамилию с музыкальным термином «бемоль» — знаком, понижающим ноту на полутон. Тогда Бимолдин мог быть потомком человека, которого прозвали Бемоль за профессию, характер или внешность. Но эта гипотеза слабее: во-первых, слово «бемоль» пришло в русский язык из французского (bémol), а во-вторых, замена «е» на «и» в корне нехарактерна для русских фамилий, образованных от музыкальных терминов. Немецкое происхождение объясняет и необычное сочетание «би» в начале, и саму логику прозвища — более предметную и бытовую, чем отвлечённо-музыкальную.