Фамилия Баймулдаева — женская форма фамилии Баймулдаев, имеющей тюркское происхождение. Она образована от мужского имени Баймулда, которое сложено из двух корней: «бай» (богатый, господин, уважаемый человек) и «мулда» — искажённое «мулла» (мусульманский священнослужитель, учитель). Таким образом, имя Баймулда можно перевести как «богатый мулла» или «уважаемый, как мулла». Скорее всего, так называли человека, который либо сам был духовным лицом, либо происходил из семьи, где ценили религиозное образование.

Фамилии на -ев, а не на -ов, здесь указывают на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или на «й». В данном случае конечный звук «а» в имени Баймулда при присоединении патронимического суффикса дал форму Баймулдаев. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде тюркских народов, особенно у казахов, башкир, татар и киргизов. Географически фамилия Баймулдаева чаще всего встречается в Казахстане, а также среди тюркоязычного населения России.

В дореволюционной России носители этой фамилии, как правило, относились к сословию государственных крестьян или казахов-кочевников. Среди них могли быть как простые скотоводы, так и аульные старшины или муллы — грамотные люди, знавшие арабскую письменность. Фамилия не фиксируется в старинных дворянских родословных книгах, что неудивительно для крестьянской среды, где она закрепилась относительно поздно — в XIX — начале XX века, когда у тюркских народов начали массово оформляться фамилии.

Стоит отметить, что в русском языке фамилия Баймулдаева склоняется по правилам прилагательных женского рода: Баймулдаевой, Баймулдаеву и т. д. В тюркской среде, особенно в Казахстане, её часто произносят с ударением на последний слог, тогда как в русскоязычной среде ударение может смещаться на второй слог: Байму́лдаева.