Фамилия Байсакалов образована от составного имени Байсакал. Первая часть — «бай» — в древнетюркском означает «богатый, господин». В прошлом баями (в других местностях — беями) называли состоятельных, уважаемых людей. Вторая часть — «сакал» — восходит к киргизскому слову со значениями «борода» и «старик». У многих тюркских народов старики были главными авторитетами, хранителями обычаев и фольклора, поэтому имена со смыслом «старый, старший» пользовались популярностью.

Имя Байсакал, вероятно, давали человеку либо с богатой, почтенной бородой, либо как пожелание прожить долгую и обеспеченную жизнь, став уважаемым аксакалом. Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, что типично для фамилий, возникших у тюркских народов в период вхождения в состав Российской империи: к основе Байсакал добавили русский патронимический суффикс, означающий принадлежность («сын Байсакала»).

Источники фиксируют носителей фамилии в Казахстане с XIX века. В Сведениях ДКНБ РК по Карагандинской области упоминается Байсакалов Агыбай, родившийся в 1878 году. Известен Байсакалов Ахмет, рожденный в 1866 году в Чимкентской области, Сузакский район. В Сведениях по городу Алматы встречается Байсакалов Бахитсыик (1882 год, Актюбинская область, Уилский район). Эти записи указывают на распространение фамилии в Центральном, Южном и Западном Казахстане. Судя по географии, предки носителей фамилии были, скорее всего, кочевниками-скотоводами, а имя Байсакал отражало их социальный статус или возрастное положение в роду.