Фамилия Байсаков — классический пример тюркского наследия в русских фамилиях. Она образовалась от прозвища Байсак, которое складывается из двух корней. Первый — «бай»: в тюркских и татарском языках это слово означало «хозяин», «богатый, состоятельный господин», а также «могущественный». Второй корень — «сак» (от татарского «сак»): «настороженный», «чуткий» (о слухе или сне), «бережливый», а также «стража».

Исходное прозвище могло указывать на человека из социальной верхушки, который к тому же отличался бдительностью и осторожностью. Но есть и другая, не менее правдоподобная версия: Байсаком называли приближённого ко двору знатной особы — главного стражника или доверенное лицо господина. В любом случае, прозвище носило социальный оттенок и подчёркивало либо высокое положение, либо особую роль при хозяине.

Фамилия построена по самой распространённой русской модели: к основе на согласный прибавили суффикс -ов, получив патроним «сын Байсака». Такая словообразовательная схема типична для фамилий, которые возникали в среде, переходившей на русские фамильные нормы, — у татарских мурз, башкир, казахов и других тюркских народов, входивших в состав Российской империи. Поэтому Байсаковы — это не случайная фамилия, а маркер определённой этносоциальной среды, где ценились и богатство, и верная служба.