Фамилия Байсаков образовалась от прозвища Байсак. Первая его часть восходит к тюркско-татарскому слову «бай», которое в переводе на русский язык означает «хозяин; богатый, состоятельный, могущественный господин». В основе второй части прозвища лежит татарское слово «сак», которое переводится как «настороженный; чуткий (о слухе, сне); бережливый», «стража». Вполне возможно, что основатель рода Байсаковых принадлежал к социальной верхушке и отличался бдительностью, осторожностью. Однако не исключено, что Байсаком могли прозвать человека, который был приближенным ко двору знатной особы или главный страж господина.