Фамилия Баюбина — женская форма фамилии Баюбин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем Баюба. Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Баюбин, то есть сын или потомок Баюбы). Такие фамилии типичны для северных и центральных регионов России, где -ин был основным патронимическим суффиксом, в отличие от южных территорий с преобладанием -ов/-ев.

Корень «баю-» отсылает к глаголу «баюкать» — укачивать, убаюкивать. В диалектах слово «баюба» или «баюн» могло означать любителя поспать, соню, а также того, кто любит рассказывать сказки, байки (ср. «баюн» — говорун, сказочник). В старину прозвище Баюба могли дать либо медлительному, сонному человеку, либо, наоборот, красноречивому рассказчику, который умел убаюкать слушателя своими историями.

Встречается и версия, что основа — не славянское, а тюркское имя. У башкир и татар есть мужское имя Баюба (Баюп, Баюб), которое восходит к арабскому Айюб (библейский Иов). В этом случае фамилия Баюбин — русифицированная форма от тюркского имени, и предки носителя могли быть выходцами из Поволжья или Приуралья. Правдоподобность этой версии ниже, так как фамилия не имеет широкого распространения в татарской среде, но полностью исключать её нельзя — в некоторых регионах (например, в Оренбургской области) фиксируются смешанные случаи.

Географически фамилия Баюбина встречается редко. По данным современных поисковых систем, большинство носителей сосредоточено в Удмуртии, Пермском крае и Кировской области. Это косвенно подтверждает первую версию: в этих краях диалектное слово «баюн» в значении «говорун» было в ходу, а фамилии на -ин традиционно преобладали. Социальный портрет предков, скорее всего, — крестьяне-землепашцы или ремесленники; фамилия не дворянская и не купеческая, а типичная крестьянская, образованная от уличного прозвища.