Фамилия Бекбатыр — яркий пример тюркской модели именования, где личное имя стало наследственным, минуя стадию отчества или прозвища. Она образована от двусоставного мужского имени Бекбатыр, которое состоит из двух равноправных тюркских компонентов: «бек» (повелитель, господин, князь) и «батыр» (богатырь, храбрец, воин). В буквальном прочтении имя означает «господин-богатырь» или «князь-воин». В тюркской ономастике такие композиты были распространены: они не описывали человека, а задавали желаемую программу — сила и власть в одном имени.

В отличие от большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов/-ев или -ин, Бекбатыр не имеет патронимического окончания. Это так называемая «неоформленная» фамилия, которая в русском языке склоняется (Бекбатыра, Бекбатыру), но сохраняет исходную тюркскую структуру. Такие фамилии типичны для народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, где в XIX–XX веках шёл переход от личных имён к наследственным фамилиям без добавления русских суффиксов.

Скорее всего, фамилия закрепилась в среде казахов, киргизов или ногайцев — именно в этих культурах имя Батыр (Баатыр) было очень популярно, а компонент «бек» указывал на родовитость или военную должность предка. Первым носителем мог быть человек, получивший имя Бекбатыр при рождении, и уже его дети и внуки стали писаться этой фамилией. В документах советского периода, когда проводилась паспортизация, имя отца или деда часто фиксировали как фамилию без изменений.

Среди однокоренных фамилий — Бекбаев, Бекмуратов, Батырбеков. Но Бекбатыр стоит особняком: здесь оба корня равноправны, и порядок слов «господин-воин» подчёркивает не подчинение, а синтез качеств. Встретить такую фамилию можно в Казахстане, Киргизии, а также в тюркоязычных диаспорах России — в Оренбургской, Астраханской областях, в Башкортостане.