Фамилия Бекбаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Бекбаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Бекбаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Бекбаев ведет свое начало от двух тюркских слов: «бек» и «бай». Первое из них в переводе на русский язык означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Слово «бай» также часто используется в качестве фамильного компонента со значением «могущественный человек». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Бекбаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Бекбаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.