Фамилия Бекбаев ведет свое начало от двух тюркских слов: «бек» и «бай». Первое из них в переводе на русский язык означает «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Слово «бай» также часто используется в качестве фамильного компонента со значением «могущественный человек».