Фамилия Бекбатырова — одна из тех, что построена по тюркской модели из двух значащих корней. Её основа — личное имя Бекбатыр, где первая часть «бек» восходит к древнетюркскому титулу, означавшему «князь», «господин», «владыка». Вторая часть — «батыр» — заимствована из персидского языка, где это слово обозначало «богатырь», «герой», «бесстрашный воин». Вместе имя Бекбатыр можно перевести как «отважный правитель» или «князь-богатырь». Такие составные имена были популярны у тюркских народов, так как в них закладывали пожелание знатного происхождения и личной доблести.

Фамилия образована по стандартной для русского языка патронимической схеме: к основе Бекбатыр добавили суффикс -ов, а женская форма получила окончание -а. С точки зрения словообразования, это классическая «фамилия сына»: Бекбатыров буквально означает «потомок Бекбатыра». Такое оформление характерно для фамилий, которые фиксировались в документах Российской империи у представителей тюркских народов, в первую очередь казахов и киргизов.

Исторические записи подтверждают бытование этой фамилии в Центральной Азии. В Книге памяти Республики Киргизия упоминается Аджикул Бекбатыров, родившийся в 1889 году. Также в источниках встречаются сведения о Мукане Бекбатырове, родившемся в 1916 году в Кзыл-Аскерском аулсовете Андреевского района Алматинской области, и о Нурмагамбете Бекбатырове, родившемся в 1871 году в 6-м ауле Иртышского района Павлодарской области. Эти примеры показывают, что фамилия была распространена на территории современного Казахстана и Киргизии, причём носители принадлежали к разным поколениям — от середины XIX до начала XX века.

Важно отметить, что фамилия Бекбатырова — женская форма, а исходная мужская — Бекбатыров. Встречается и вариант с окончанием -ев (Бекбатырев), но он менее характерен для тюркской основы. Поскольку имя Бекбатыр не было широко распространено за пределами казахской и киргизской среды, фамилия остаётся относительно редкой и географически привязанной к степным регионам.