Фамилия Бекбусинова — одна из тех, что прямо указывает на социальный статус предка по мужской линии. В её основе лежит тюркское составное имя или титул «Бекбуси́н». Первая часть, «бек» (или «бий»), в тюркской среде означала «господин», «князь», «предводитель». Вторая часть — «буси́н» — восходит к арабскому слову «буси́н» (بوسين), которое переводится как «целующий» или «поклоняющийся». Таким образом, имя Бекбусин могло означать «князь, воздающий почести» или «господин, который целует (руку старшего, святыню)» — то есть подчёркивало не только власть, но и благочестие, уважение к старшим.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе «Бекбусин» добавили суффикс «-ов-», а затем женское окончание «-а». Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «Бекбусинова» буквально означает «дочь (или жена) Бекбусина». Такая модель типична для фамилий, которые фиксировались в метрических книгах и ревизских сказках Российской империи у народов Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии, принявших православие или находившихся в зоне русского административного влияния.

Фамилия относительно редкая. Основной регион её бытования — Западный Казахстан и прилегающие области России (Астраханская, Оренбургская). Это объясняется историческим расселением казахов и ногайцев, у которых имя Бекбусин было распространено. Встречается она и у татар, но реже. Среди носителей фамилии преобладают казахи, что позволяет предположить, что исходное имя — казахское или общетюркское, а фамилия закрепилась в период массовой паспортизации 1930-х годов, когда многие кочевники получали фамилии по имени отца.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила ударение на последний слог основы — Бекбуси́нова. Это типично для тюркских заимствований, где ударение часто падает на последний слог корня. В русском языке такое ударение не свойственно, поэтому в бытовой речи иногда встречается вариант с ударением на второй слог — Бекбу́синова, но литературная норма ориентируется на язык-источник.

Однокоренные фамилии — Бекбусинов, Бекбусин, а также схожие по модели Бекмурзина, Бексултанова. Все они объединены компонентом «бек», который в тюркских фамилиях выступает маркером знатного происхождения, хотя к XIX веку это значение во многом стёрлось и стало просто именем. Таким образом, фамилия Бекбусинова — это не столько указание на реальное княжеское достоинство предка, сколько память о том, что его имя содержало этот титул.