Фамилия Бекинеев — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а конкретная должность, причём не русская, а тюркская. Если вы ищете её происхождение, скорее всего, ваши предки имели отношение к восточной администрации или служили толмачами.

Корень фамилии восходит к слову «бекине» (или «бекиня»). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, этим словом называли жену бека (князя, правителя) — то есть княгиню. Однако в русской ономастике фамилия с таким корнем не могла означать «сын княгини»: это было бы бессмысленно с точки зрения социального статуса. Вероятнее, что «бекине» — это искажённое русскими писцами тюркское «бакши» (писец, переписчик, учитель грамоты) или «бакса» (сборщик податей). В XVI–XVII веках на русской службе состояло много выходцев из Казанского и Астраханского ханств, которые занимали должности толмачей и дьяков. Звук «ш» в русском произношении мог перейти в «н», а суффикс -еев указывает на патронимическое происхождение: «чей?» — Бекинеев, то есть «сын Бекинея».

Суффикс -еев (а не -ов) встречается реже и характерен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. Он же встречается у фамилий тюркского происхождения (например, Абдулкеримов, но Алфеев). Это дополнительный маркер того, что фамилия не великорусская, а пришлая.

Географически Бекинеевы встречаются в Поволжье и на Южном Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. В дореволюционных переписях эта фамилия изредка попадается среди крестьян и мещан, но никогда — среди дворян, что говорит о её «служилом» происхождении: предки, скорее всего, были мелкими чиновниками или переводчиками, которые после завоевания Казани перешли на службу московскому царю. Спорить о том, была ли основа именем или прозвищем, не стоит: в любом случае, Бекиней звали не женщину, а мужчину, получившего прозвище по роду занятий или по жене начальника (в насмешку).