Фамилия Бекмаганбетов образована от сложного мужского имени Бекмаганбет. Это типичная для тюркских народов модель, где имя склеивается из двух смысловых блоков. Первый — бек (вождь, господин, князь), второй — Маганбет, который представляет собой диалектный вариант имени Мухаммад (в переводе с арабского — «восхваляемый, прославляемый»). В казахском языке имя пророка Мухаммада часто звучало как Магамбет или Маганбет, поэтому Бекмаганбет дословно означает «господин, подобный Магамбету» или «князь Магамбет».

Фамилия строится по стандартной русской модели: к основе Бекмаганбет добавляется патронимический суффикс -ов, который в тюркских фамилиях означает «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Таким образом, Бекмаганбетов — это потомок человека по имени Бекмаганбет.

Эта фамилия — редкий случай, когда в основе лежит не каноническое арабское имя, а его местное, народное произношение. Маганбет вместо Мухаммад — примета казахской и, отчасти, ногайской языковой среды. Поэтому географически фамилия Бекмаганбетов почти наверняка указывает на Западный Казахстан или на территории, где исторически кочевали казахи (Актюбинская, Западно-Казахстанская, Атырауская области). Встречается она и у казахов в России, в первую очередь в Астраханской и Оренбургской областях.

По словообразовательной модели эта фамилия стоит в одном ряду с такими же двухосновными тюркскими фамилиями, как Бекмухаметов, Бекмамбетов или Бекмагамбетов. Разница в написании (Маганбет против Магамбет) — чисто фонетическая, на слух в разных говорах имя звучало с небольшим отличием. Суффикс -ов закрепился в документах в XIX — начале XX века, когда русская администрация массово записывала кочевое население, превращая личные имена в наследственные фамилии.

Сословная принадлежность предков-носителей этой фамилии не фиксирована. Имя Бекмаганбет могли носить как рядовые скотоводы, так и представители степной аристократии (султаны или старшины), потому что компонент «бек» в имени не всегда отражал реальный титул — он мог быть просто пожеланием или данью традиции. Точных данных о знаменитых носителях фамилии в открытых источниках мало, что тоже говорит о её относительной редкости и локальном бытовании.