Фамилия Бектубаев — яркий пример тюркского антропонимического наследия, которое прочно вошло в русский именослов. Её основа — составное личное имя Бектуба (Бектубай), где первая часть «бек» (бег, бий) означает «князь, господин, повелитель», а вторая — «туба» (тюба) восходит к арабскому слову «туба» — «блаженство, райское дерево». В тюркской ономастике имя Бектуба толкуют как «князь блаженства» или «господин, несущий благодать». Это имя давали с пожеланием счастливой и благополучной жизни, подчёркивая высокий статус или ожидаемую удачу ребёнка.

Фамилия образована по стандартной для тюркских народов, входящих в состав России, модели: к имени добавляется русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих). Таким образом, Бектубаев буквально означает «сын (потомок) Бектубы». Такой способ оформления фамилий был особенно распространён в XIX — начале XX века среди казахов, башкир, татар и других народов, когда при переходе к оседлому образу жизни и фиксации в документах к отцовскому имени приращивали русское окончание.

Географически фамилия Бектубаев наиболее характерна для Казахстана, особенно для южных и западных регионов (Кызылординская, Туркестанская, Атырауская области). В России она встречается преимущественно в Оренбургской, Астраханской областях и в республиках Поволжья, где исторически жили казахи и ногайцы. Встречается вариант написания с одной «б» — Бектубаев, что связано с особенностями произношения в некоторых диалектах.

Социальный контекст фамилии прозрачен: предки носителя, скорее всего, были людьми из степной аристократии или зажиточных скотоводческих родов, поскольку имя «бек» в основе указывает на принадлежность к слою военно-феодальной знати. Однако со временем фамилия демократизировалась: потомки могли заниматься и земледелием, и ремёслами, и торговлей. В советский период фамилия не подверглась русификации или изменению, сохранив свою исходную форму.

Примечательно, что имя Бектуба в тюркских языках встречается и как самостоятельное, и в составе других сложных имён (например, Бектуган, Бектулы). Фамилия Бектубаев — одна из немногих, где второй компонент «туба» имеет не локально-географическое (как «туба» в значении «род, племя»), а именно религиозно-поэтическое значение, что делает её этимологию более возвышенной по сравнению с фамилиями, образованными от прозвищ по ремеслу или внешности.