Фамилия Бенагуев — редкий случай, когда тюркская основа «замаскирована» под русский суффикс, но не до конца. На слух она кажется «кавказской» или «восточной», и это ощущение не обманывает: корень фамилии восходит к тюркскому или кумыкскому слову «бена» (или «бина») — «я», «меня». В тюркских языках «бен» — личное местоимение первого лица, а суффикс «-гу» часто образует прилагательные или имена со значением принадлежности. Таким образом, «Бенагу» могло означать «мой», «принадлежащий мне» — возможно, прозвище человека, который постоянно употреблял эту форму в речи, или же имя-оберег, данное ребёнку с пожеланием «быть моим», то есть родным, близким.

Русский суффикс «-ев» присоединился к основе «Бенагу» при оформлении фамилии в официальных документах — это стандартная модель для тюркских и кавказских фамилий, попавших в русскую среду. Встречаются варианты написания «Бенагуев» и «Бенагуов», но первый закрепился как основной.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу: чаще всего её носители — кумыки, реже — чеченцы или ингуши. Встречается она и среди дагестанских народов, где тюркские элементы смешаны с местными. В дореволюционных источниках фамилия не фиксируется — скорее всего, она оформилась в советское время, когда у горских народов активно записывали фамилии по русскому образцу.

Любопытная деталь: если разбирать слово «Бенагу» как прозвище, оно могло относиться к человеку, который в разговоре часто подчёркивал «я», «моё» — этакий «якала». В тюркской ономастике такие прозвища не редкость, и они не всегда несли негативный оттенок: иногда так называли лидера, главу рода. Другая, менее вероятная версия — связь с арабским «бин» (сын), но в таком случае фамилия звучала бы как «Бинагуев» или «Бен-Агуев», а форма «Бенагуев» указывает именно на тюркское «бен».

Сравните с однокоренными фамилиями: «Бенаев» (от «бен» + «ай» — луна), «Бенгиев» (от «бен» + «ги» — пришлый). Бенагуев стоит особняком — в ней сохранён редкий аффикс «-гу», который в русских фамилиях почти не встречается.