Фамилия Бенацкий — редкий случай, когда польское происхождение почти не вызывает споров, но корень остаётся загадкой. Суффикс -цкий (в польском варианте -cki) указывает на шляхетское или, как минимум, землевладельческое прошлое: так в Речи Посполитой образовывали фамилии от названий имений или местностей. Основа Бен- могла пойти от имени Бенедикт (через уменьшительную форму Бень, Бенек) или от польского слова «bena» — так в некоторых говорах называли болото, топь. Вторая версия правдоподобнее: если фамилия топонимическая, то предок владел или жил в усадьбе Бена, Беново или Бенаце — такие названия встречаются на картах бывшей Восточной Польши и Западной Беларуси.

Словообразовательная модель проста: к основе Бенац- прибавили типичный польский суффийкс -кий, который в русской передаче закрепился как -цкий. В документах XIX века фамилию могли записывать двояко: Бенацкий или Беняцкий — через «я» в корне, что отражает местное произношение. Сословно носители чаще всего относились к мелкой шляхте или однодворцам, которые после разделов Польши оказались в составе Российской империи и сохранили фамилию как маркер происхождения.

В отличие от массовых фамилий на -ский, Бенацкий не имеет однозначной этимологии в русских словарях. Сравнение с однокоренными польскими фамилиями (Бендковский, Беневский) показывает, что основа могла быть и личной, и географической, но без привязки к конкретному населённому пункту спор не разрешить. Для потомка Бенацких главная зацепка — искать не в России, а в архивах Гродненской или Минской губерний, где фамилия фиксируется в метрических книгах конца XVIII — начала XIX века.