Фамилия Бенагуева — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — «Бенагуа» — указывает на топоним, и почти со стопроцентной вероятностью это село Бенагуа (или Бенагуа) в Грузии, в регионе Рача. Жителей этого села или выходцев оттуда и называли Бенагуа, а при русификации фамилии добавили типичный женский суффикс -ева (для мужского варианта — Бенагуев).

Модель образования здесь прозрачна: грузинская фамилия на -уа (как Гулиа, Данелия, Чантурия) при переходе в русскую среду получила окончание -ев, характерное для русских фамилий (сын Бенагуа → Бенагуев). Суффикс -уа в грузинском часто указывает на принадлежность к роду или местности, но в данном случае он закрепился именно как часть топонимического прозвища. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Бена́гуева.

Версия о происхождении от личного имени или прозвища маловероятна. В грузинском языке нет корня «бенаг-» в значении, которое дало бы устойчивое прозвище. Соблазнительно связать с арабским «бен» (сын) и «агуа» (господин), но это искусственная конструкция: в грузинской ономастике компонент «бен» не встречается, а «агуа» как титул не зафиксирован. Поэтому единственная рабочая гипотеза — это фамилия, привязанная к конкретному селу в горной Раче.

Носители фамилии Бенагуева встречаются в основном на Северном Кавказе (особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии), что логично: географическая близость к Грузии и исторические миграции рачинцев в XIX–XX веках объясняют распространение. Внутри самой Грузии фамилия редка, так как село Бенагуа — небольшое, и значительная часть его населения в советское время переселилась в Россию. Социальный контекст: предки, скорее всего, были крестьянами-виноделами или скотоводами, типичными для этого региона, без выраженной сословной элиты.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бенагуа, Бенагуев) показывает, что вариант с -ева — чисто русская адаптация, закреплённая в паспортных документах. Если вы встретите написание Бенагуа — это исходная форма, которую носитель мог сохранить, не русифицируя.